Gra przedstawia dalszy ciąg wydarzeń znanych z gry Killzone 2. Po śmierci Scolara Visariego Imperium Helghan wstrząsają wewnętrzne walki. Natarcie sił ISA załamuje się. Zginęli wszyscy dowodzący atakiem, najwyższym stopniem oficerem został kpt. Jason Narville, którego zadaniem jest ewakuacja pozostałych oddziałów z Helghanu. Aby tego dokonać, jego siły muszą zdobyć zaawansowane maszyny bojowe Helghan. Głównym wrogiem staje się Jorhan Stahl - właściciel firmy Stahl Arms zajmującej się produkcją nowoczesnego uzbrojenia. Zawarł on sojusz z admirałem Orlockiem, nowym dowódcą sił Helghan, jednak jego prawdziwym celem jest przejęcie kontroli nad Helghanem, a w przyszłości zaopatrywanie w broń każdej planety w galaktyce. Sev i Rico - bohaterowie znani z poprzednich części gry - zostają uwięzieni w ogniu walczących ze sobą frakcji i usiłują uciec w czasie gdy ISA stara się przegrupować własne siły. Gra zaoferuje graczom możliwość spojrzenia na kulturę Helghan, ich język i na to, co pozostawiła w nich ludzkość.
